Родился 11 июня 1986 года в Лос-Анджелесе, в франко-еврейской семье циркового клоуна и танцовщицы в ночном клубе. Атмосфера в доме будущего актёра царила соответствующая — безалаберно-интересная. Отец Лабафа всегда любил выпить, однако вскоре его безобидная поначалу любовь к выпивке переросла в настоящий алкоголизм. Когда сыну было десять лет, отец допился до того, что попал в наркологическую клинику. Мать сразу же подала на развод, и семья распалась. Шайа своё имя (идиш שײַע — Шая), переводящееся как (подарок), получил в честь дедушки.
В 1999-м году сыграл свою первую роль в 6-м эпизоде 7-го сезона Вариант Голдберга (телесериал «Секретные материалы») в возрасте 13 лет в роли мальчика, которому нужна операция, но нет денег, поисками которых и помогли Генри Уимзу заняться агенты Фокс Малдер и Дана Скалли.
Дебютом в большом кино для Шайи считается фильм от Диснея «Клад». В этой картине Шайе удалось раскрыть свои грандиозные способности к драматической игре. Немного позже, в 2004 году, новоиспечённый актёр предстаёт пред нами в киноленте «Триумф». Фильм был основан на реальных событиях о первоклассном гольфисте. Оценивая фильм, критики разошлись во мнениях.
В 2007 году появляется новая лента «Паранойя», где роль главного героя исполняет Шайа. На картину положительно отреагировало большинство критиков. Она обрела немалый успех в прокате во многих странах, а Лабаф поднялся на новую ступень популярности. Уже тогда критики предвидели, что грядёт новая яркая звезда в Голливуде.
Имеет татуировку на правом запястье с надписью «1986-2004», на левом плече отпечаток лапы, и на левом боку изображена рука в наручниках, пишущая письмо.
Был арестован в марте 2008 за то, что отказался покинуть одну из чикагских аптек. В июле 2008 года Шайа попал в аварию, в результате которой повредил руку. По прибытии полиции на место событий актёр отказался сделать химический тест на алкоголь и наркотики. В январе 2009 года лос-анджелесский суд обвинил его в управлении автомобилем под воздействием алкоголя или наркотических средств на основании «физических признаков» (шатание, невнятная речь и т. д.) и отобрал у актёра права на вождение.
